الرناوات الطويلة غير المكودة: مساهمة قواعد البيانات

في بداية مايو 2023 نشرت ورقة في مجلة مراجعات نيتشر في البيولوجيا الخلوية الجزيئية nature reviews molecular cell biology بعنوان "مساهمة قواعد البيانات في فهم عناصر الرنا الطويلة غير المكودة للبروتينات lncRNAs"، قدم فيها باحثان في الجينوم استعراض لأنواع وخصائص قواعد بيانات lncRNAs، ومناقشة لمساهمتها في مواجهة التحديات واغتنام الفرص في مجال أبحاث عناصر الرنا الطويلة غير المكودة. الرناوات الطويلة غير المكودة للبروتينات lncRNAs هي فئة من جزيئات الحمض النووي الريبي RNA تتكون من أكثر من 200 نيوكليوتيد ليس لديها القدرة على صناعة البروتينات أو ذات قدرات محدودة على التكويد للبروتينات. حددت الدراسات المكثفة وتميزت lncRNAs في مجموعة من الأنوا ، مما يدل على أن عناصر الـ lncRNAs تتجاوز عدد الجينات المشفرة للبروتين ولها أدوار تنظيمية حاسمة في الأمراض والتوازن والاستجابات للإجهاد. وبالتالي، تراكمت كمية هائلة من البيانات المتعلقة بـال الـ lncRNAs في العديد من الأنواع، مما زاد من الحاجة إلى التجميع الشامل والتعليقات التوضيحية عالية الجودة لـ lncRNAs ولتوسيع معرفتنا بربط الـ lncRNAs بأمراض وسمات وأنماط ظاهرية متنوعة. لقد بُذلت جهود قيمة مؤخرًا لبناء قواعد بيانات عناصر الـ lncRNAs المتنوعة، والتي تعمل معًا كبنية تحتية أساسية للمجتمع العلمي. وقدم الباحثان في ورقتهما استعراض لقواعد بيانات تلك، وتحديد لميزات العديد منها، ومناقشة للتحديات والفرص من أجل فهم أفضل لكون lncRNAs. من قواعد البيانات التي أشارت الورقة لميزاتها: - TANRIC و Mitranscriptome و ReflNC: وهي قواعد تركز على ملفات تعريف التعبير الديناميكي لـ lncRNAsفي عينات السرطان. - ExorBase: وفيها تركيز على تحديد الحويصلات خارج الخلية لمختلف سوائل الجسم البشري. - lncatLAs و RnaLocate: وفيها تركيز المكونات دون الخلوية لـ lncRNAs. - Dynamic-BM: وفيها تركيز على العمليات النمائية لـ lncRNAs. - lncExpDB: تقوم قاعدة البيانات هذه بتقييم قدرات التعبير لجينات lncRNAsفي سياقات بيولوجية متنوعة وتوفر ملفات تعريف تعبير شاملة وشبكات التعبير المشترك لـ lncRNAsالبشرية. كل قاعدة من قواعد البيانات هذه لها ميزاتها الفريدة وتركز على جوانب مختلفة من أبحاث lncRNAs. تختتم الورقة بالدعوة إلى التعاون في جميع أنحاء العالم لتوحيد الجهود والمعايير لتحديد lncRNAs وتوصيفها وارتباطاتها، بهدف بناء عالم كامل من البيانات عن الـ lncRNAs. Ma, L., Zhang, Z. The contribution of databases towards understanding the universe of long non-coding RNAs. Nat Rev Mol Cell Biol (2023). https://doi.org/10.1038/s41580-023-00612-z — المصدر: منشور على صفحة «مركز براهين» في فيسبوك